同时，我们也应该看到，我国高校在促进创新型国家建设方面还存在不少问题，在国家创新体系中的作用还没有得到充分发挥。第一，由于我国长期以来一直实行以科研机构为主的科研体制，与专门的科研机构相比，高校科研力量比较分散，重大攻关项目的研究能力尚显不足。第二，科研经费严重不足，缺乏持续稳定的科研资助机制。第三，科研成果的原创性不足，低水平重复的现象还时有所见。第四，由于高校在传统上是以人才培养和理论研究为主，重学理研究、轻技术开发的现象还普遍存在，许多大学在职称评定、工作考核时并没有把技术开发与知识推广列入考核指标。第五，由于没有相应的奖励政策和信息平台，许多研究项目在结题后便束之高阁，技术转化速度较慢。另外，由于人才培养、研究与开发在大学往往属于不同职能部门的任务，产学研结合不够，难以发挥研究与开发的育人作用，使创新人才培养失去了一条有效的途径。
（三）充分发挥高等学校在国家创新体系中的作用的措施
《教育规划纲要》要求“充分发挥高校在国家创新体系中的重要作用，鼓励高校在知识创新、技术创新、国防科技创新和区域创新中作出贡献”，并就如何加强高等学校科学研究和社会服务工作制定了具体措施。