这一战，北洋水师劳师败绩，被日军轻而易举地击溃。黎元洪所在的“广乙”号在海面上疯狂奔逃，临近岸边时搁浅。船上统领管带乘小船登岸而走，留下黎元洪等水兵在船上。统领管带走后不久，日本水师追了上来，黎元洪等人誓死抵抗，凿沉战船，然后所有的水兵投水自尽。士有蹈海而死，此之谓也。
黎元洪投海，灌了一肚子海水，却没有死掉，而是被海潮推到岸边。他挣扎着爬起来，侥幸生还。
见他保全性命而还，大清帝国大喜。甲午海战大败亏输，总得有个人出来承担战败责任吧？别人不好找，黎元洪可是自己从海里爬回来的，于是以败军之罪判处黎元洪蹲了半年的大牢。
黎元洪老实巴交，比较“肉头”，海战未死，却要蹲大狱，蹲就蹲吧，这事他认了。出狱后，他到湖北军中寻找活路，因为表现出精湛的操船技巧，迅速在新军中脱颖而出。此后他的官运高开高走，成为湖北新军中极有威信的人物。
紧接着，湖南共进会大佬焦达峰入湖北，在军中发展成员，准备武装起事，推翻清朝。对此，虽然清廷一再严令缉查军中党人，但黎元洪睁只眼闭只眼。他倒也不是对革命有什么热心，而是他的性格与一切暴力斗争相隔膜。在他看来，营中士兵都是自家兄弟，有什么说不过去？何必非要打打杀杀？