在民办义务教育收费上，该条例规定：“县级人民政府根据本行政区域实施义务教育的需要，可以与民办学校签订协议，委托其承担部分义务教育任务。县级人民政府委托民办学校承担义务教育任务的，应当根据接受义务教育学生的数量和当地实施义务教育的公办学校的生均教育经费标准，拨付相应的教育经费；受委托的民办学校向协议就读的学生收取的费用，不得高于当地同级同类公办学校的收费标准。”这是当时我国还没有完全免除义务教育阶段学生学杂费的情况下所实施的收费标准，即受政府委托办理的民办义务教育学校，可以根据生均经费标准给予相应的教育经费，因此在收费上应该不高于公办学校的收费标准。2005年印发的《民办教育收费管理暂行办法》规定“民办学校对接受教育者可以收取学费（或培训费），对在校住宿的学生可以收取住宿费”，也再次强调了“受县级人民政府委托承担义务教育任务的民办学校，向协议就读的学生收取的费用，不得高于当地同级同类公办学校的收费标准。”同时规定“民办学校取得的合法收费收入应主要用于教学活动和改善办学条件，任何单位和部门不得截留、平调”。这一要求保障了民办义务教育有充足的办学经费。