在军事方面，因为国库空虚，弘治君臣主要采取防御的大政方针，不像明太祖、明成祖时期常常越过长城，与蒙古人浴血奋战，因为实力根本不允许。当时承平日久，国家没有经历过大规模的战争，西北的蒙古部落常常在边关耀武扬威。马文升严格考核将领，罢免三十位贪婪、懦弱的将校。饭碗被砸了，这些人当然痛恨马文升了。有的晚上拿着弓箭在门口埋伏，想等马大人出来，将他射死；有的写了举报信，罗织罪名，想使马文升下台。朱祐樘赶紧派十二个骑兵贴身保护。弘治末年，大同有敌人进犯，皇帝听了太监苗逵的话，准备派军队出塞，好好杀一杀蒙古人的锐气，于是把刘大夏召过来，问他：“当年苗逵在延绥直捣敌人巢穴的事，你听说过吗？”刘大夏回答：“听说过！不就俘虏了几十个妇女、小孩嘛，多亏朝廷人品好，大军才能平安归来，否则还不知道怎么样呢。”朱祐樘仿佛受到暴击，沉默良久，又问：“当年太宗皇帝怎么能出塞杀敌呢？”刘大夏给皇帝留了点面子，说：“陛下的英明神武不差于太宗，可将士们、战马都差远了，当初淇国公丘福曾率领十万大军出塞，稍稍违背太宗的旨意，结果全军覆灭。没有优秀的将领，现在最好的方法就是防御。”朱祐樘感慨一句：“多亏有爱卿，否则将酿成大错。”