陕西将军陆建章对袁世凯一向“忠心耿耿”，南方讨袁起义发动后，陕西在革命党人运动下，民军蜂起，陆建章的镇压举动未收效果。5月9日，陕南镇守使陈树藩宣布独立，自任护国军总司令，联合民军准备进攻西安。在各方强大压力下，陆建章无力抵抗，只能与陈树藩言和，交出陕西权柄。16日，陈树藩进入西安，出任陕西都督，陆建章被礼送出境。
如果说陕西独立是陆建章迫于无奈而交权，那么其后四川、湖南的主动独立更使袁世凯气恼不已。四川将军陈宧本任参谋次长兼袁世凯的军事核心机构——统率办事处办事员。1915年3月，陈奉命带兵入川，以加强北洋军对西南的控制，表明袁世凯对其信任有加。护国战争爆发后，护国军入川作战，陈宧独当其冲，虽然在北洋援军的支持下，交战双方的战线得以稳定，但陈宧仍然感到护国军的强大压力。随着全国讨袁阵营的扩大和政治形势的变化，陈宧对袁世凯的忠诚度显然在动摇。1916年3月袁世凯被迫取消帝制后，陈宧随即在3月30日向护国军方面提出停战议和建议，并称其“意在倒袁行联邦制，而举冯（国璋）、段（祺瑞）、徐（世昌）为总统，并谓已派人联络湘、鄂、赣三省，已得赞同”。31日蔡锷复电陈宧，同意停战一星期，因为北洋军对护国军仍有优势，护国军“非得新援及将器械、人员弹药补充完满，决难移转攻势”。此次停战期满后经两次延长各一月并扩大范围至湖南，实际上护国军与北洋军自此以后便基本未发生战事。与此同时，陈宧提出其议和条件，“最要之件为须仍一致承认今大总统”，而讨袁阵营方面对此绝难同意，如梁启超所言，“袁不退，对京无调停余地”，双方和议没有结果。尽管如此，护国军方面一直没有放弃劝说陈宧独立的计划，并通过陈属下的旅长冯玉祥、伍祥祯等“迫陈宣告独立”。此时，政治形势的变化已经明显不利于袁世凯，陈宧的心思始有变化，在内外压力之下，态度明显动摇。5月3日，陈宧致电袁世凯，告其在与护国军方面议和时“争执主要之点，欲得钧座退位。使此退位之说仅出于首事诸人一部分之口，则转圜犹易为力，乃首事诸人如是云云，主持清议诸人复如是云云，甚至举国人之心理亦如是云云，于此可察大势之已去，人心则已失，虽有大力者，亦不能逆天以挽之矣。”因此，陈宧向袁建议，“退而兵罢，兵罢而国安”，同时保证“应如何优待条件，宧与各省疆吏亦必力争以报”；否则，“若再迁延时日，则分崩离析之祸今已见端，后患之来，则宧之所不忍言者”。陈宧此电通报北京及各省后，袁虽表示“实获我心”，但迟迟不见付诸实施，而四川省内外“迫陈独立甚急”，陈“以各方面之种种胁迫，使之不得不发”。22日，陈宧被迫发布《独立文告》称：“本都督前曾一再电请袁大总统退位……乃迁延至今，迄未得明确之答复，是袁氏不念川民之疚苦，且先自绝于川。本都督因民之不忍，不能不代表川人与袁氏告绝，于二十二日通电京外，正式宣布与北京袁政府断绝关系，袁氏未退位以前，以政府名分处分川事者，川省皆视为无效。”